微生物肥当前是我国新型肥料中年产量最大、应用面积最广的品种，但微生物肥料产业的发展速度和发展质量却明显偏差，影响产业发展的主要因素如下：
（一）行业集中度低。据统计，至2018年10月，我国已有微生物肥料企业2050家，产能达到3000万吨，但以小型企业为主，行业集中度较低。
（二）市场推广难度大。与常见的化学肥料相比，微生物肥料养分含量偏低，并且吸收比较慢，短时难以见到效果，同时由于部分微生物肥料需要与化学肥料混施，增加了肥料使用成本。推广上另一难度来源于生产企业对政策补贴或者政策采购的依赖，市场竞争力较弱。
（三）微生物肥料的生产、使用和配套技术落后。有效活菌数是决定微生物肥料质量的关键指标，有效活菌数取决于产品生产工艺，而在微生物肥料的生产过程中，多数企业生产工艺标准化程度还比较低，尤其是在造粒方式和烘干中对温度和时间的选择等关键工艺上，标准还有待加强。